当初の予定では、シリーズは21世紀に入ってから復活する予定だったが、1998年の『GODZILLA』の賛否によりファンから「日本のゴジラ」の復活を希望する声が上がり、予定が繰り上げられ、『ゴジラvsデストロイア』以来4年ぶりの新作公開となった。新しいシリーズの幕開けにふさわしく、より背びれが強調され凶悪なデザインに一新されたゴジラが登場。更に宇宙人ミレニアンとそれが怪獣化したオルガも登場する。主要襲撃地点は根室、茨城、東京。
地震や台風のような自然災害的存在であるゴジラに対して人類がいかに対抗するかを描く事に重点が置かれた。
迫力のある映像構図へのこだわりが見られ、CGも効果的に使われた。
アメリカ、香港、韓国でも公開された。なお、アメリカ公開版は映画中のBGMなど変更点が多い。
宇宙人ミレニアンが、ゴジラの細胞の自己再生能力を司る「オルガナイザーG1」を吸収、制御できずに怪獣化してしまった姿。怪獣化したとはいえ知性まで失ったわけではなく、変異後には途方に暮れた様子が見られる。形状は左右非対称、いびつな姿をしているが、空中高くジャンプでき意外と身軽である。左肩の肩口から強力な光線を発射する波動攻撃と、周囲の物体を宙に浮遊させる超念動が武器。乗ってきたＵＦＯも遠隔操作できる。さらにオルガナイザーG1の影響で非常に高い再生能力も持っており、劇中では、戦闘中に傷口の肉が盛り上がっていた。
ゴジラと肉弾戦を繰り広げた末に、大きく裂けた口を開けてゴジラの体を包み込みエネルギーを吸収、ゴジラとの同化を図るが、ゴジラの体内放射で撃破され、死亡。
身長：60メートル
全長：75メートル
体重：4万トン
UFOに乗っていた宇宙人。長い宇宙航行の間に肉体を変化させ、量子流体化している。UFOがゴジラからオルガナイザーG1を吸収することで肉体を取り戻したが、ゴジラ以外の生物ではオルガナイザーG1を制御できず、怪獣オルガに変化した。
身長：40メートル
体重：1万トン
鹿島灘沖で発見された宇宙船。滅亡した母星に代わる新たな居住地を求めて、6千万年前に地球にやってきたが、海底に沈み、そのまま活動を停止していた。亜光速で空を飛ぶほか、発射口から強力な光線を発射する。銀色の装甲は非常に強固。最初は岩塊の姿で発見されたが、活動を再開し海上へと浮上、東海村上空に飛来し、自衛隊と交戦中のゴジラを襲うが相撃ちとなる。その後、新宿に飛来。上陸したゴジラと再戦し、ワイヤーで捕縛したところを見えない触手でゴジラの体内からオルガナイザーG1を吸収し、そのエネルギーがミレニアンとなった。
ミレニアンがオルガに変異した直後、一時的に動きを止めていたところをゴジラの熱戦によって両断されたが、オルガがゴジラと戦いを始めるとミレニアン＝オルガの遠隔コントロールを受けて再起動、タックルや砲撃を行ったが最終的には各個撃破された。
全長：200メートル
全幅：130メートル
重量：1万9000トン
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